Švedski stručnjak je nakon završetka prošle sezone na klupi naslijedio Stalea Solbakkena s kojim je København dogurao do osmine finala Lige prvaka. Norvežanin je otišao u Köln, a Nilsson nije uspio ponoviti njegove uspjehe s danskim klubom. Nije se plasirao u Ligu prvaka, a u Europa ligi je ispao već nakon natjecanja po skupinama.

Iako je ostavio København na prvom mjestu u danskom prvenstvu, posla su ga koštali slabi rezultati u europskim natjecanjima. Naslijedit će ga dosadašnji sportski direktor Carsten Jensen.