Optužnica za zločine tereti bivšeg zapovjednika Teritorijalne obrane Vukovara i njegovog zamjenika, Miroljuba Vujovića i Stanka Vujanovića, te pripadnike nekadašnje TO Jovicu Perića, Ivana Atanasijevića (koji se ranije zvao Ivan Husnik), Predraga Madžarca i Milana Vojnovića.
Tijekom suđenja optužnica je proširena, te su prvotno optuženoj šestorci pridruženi pripadnici paravojne jedinice "Leva Supoderica", koju je formirala Srpska radikalna stranka Vojislava Šešelja. Optuženi su zapovjednik te jedinice Milan Lančužanin Kameni, te pripadnici Marko Ljuboje, Vujo Zlatar, Goran Mugoša, Đorde Šošić, Miroslav Đanković, Slobodan Katić, Nada Kalaba, supruga drugooptuženog Vujanovića, i Milan Bulić.
Većina optuženih u svojim je obranama izjavila da nisu krivi, a oni koji su tad bili u hangaru na Ovčari tvrde da su tamo otišli ili slučajno, ili iz znatiželje, ili da i sami nekog pronađu. Svi su tvrdili i da su tek kasnije saznali za zločin iz priča koje su kolale, ali nitko se ne može sjetiti od koga su točno za zločin čuli.
Svjedoci, tadašnji pripadnici JNA, ispitani u prethodnom nastavku suđenja od 22. do 29. listopada, potvrdili su da je zločin nad ratnim zarobljenicima izvedenima iz vukovarske bolnice mogla spriječiti tadašnja JNA. Također, dvojica svjedoka-pokajnika ispitanih u dosadašnjem tijeku postupka, ponovila su, kako se neslužbeno saznaje, svoje istražne iskaze koji terete optužene za zločin na Ovčari.