Optužen je još 26. lipnja 1996. za zločine protiv čovječnosti počinjene nad nesrpskim stanovništvom Foče, u istočnoj Bosni, od travnja 1992. do veljače 1993., kada je bio zamjenik zapovjednika vojne policije.
Tereti ga se po osobnoj odgovornosti u 14 točaka za mučenje i silovanje kao zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja. Snage bosanskih Srba zauzele su Foču u tranju 1992., a vojna policija je zajedno s lokalnim vojnicima pritvarala bošnjačko i hrvatsko stanovništvo, navodi se u optužnici
Janković se izjasnio i da nije kriv po točkama optužnice koje ga terete za zločine protiv čovječnosti i kršenje prava i ratnih običaja.
U nizu predaja srpskih i drugih optuženika uglavnom s novih haških optužnica, Jankovića se izdvaja po činjenici da je u bijegu proveo devet godina, od čega posljednje četiri u Moskvi pod zaštitom ruskih tajnih službi, sudeći po napisima u britanskom tisku.
Na prvome pojavljivanju na sudu objavljeno je da je Jankovićev predmet 29. studenoga 2004. predložen za ustupanje pravosuđu BiH, te da je Tužiteljstvo podnijelo zahtjev da se u predmetu suspendiraju sve procesne radnje koje nisu od materijalne važnosti.
Na prvoj optužnici s Jankovićem bili su i Dragoljub Kunarac, Radomir Kovač i Zoran Vuković koje je ICTY-a 12. lipnja 2002. pravomoćno osudio na 28, 20 i 12 godina zatvora. Izmijenjenom optužnicom od 20. travnja 2001., Jankovićev je predmet izdvojen zajedno s Draganom Zelenovićem, koji je još u bijegu.