Srbijanski ministar pravosuđa Vladan Batić izjavio je da je "zaprepašten" presudom talijanskog suda. "Netko je zatajio u kontroli letenja kad su dva helikoptera s teritorija Mađarske ušla na teritorij Hrvatske, a zbog toga je vođen i postupak pred Vojnim sudom u Beogradu. Šišić je postupio kao vojnik i on ništa nije odlučivao. Nije bila njegova svijest i volja da sruši helikopter i pobije ljude", kazao je Batić agenciji Beta. Batić je naglasio da država mora učiniti sve da pomogne Šišiću, jer je on "u cijeloj priči kolateralna šteta".
Novosadski odvjetnik Nemanja Aleksić, doskorašnji Šišićev pravni zastupnik, tvrdi da su vlasti u Beogradu "u najmanju ruku olakšale donošenje drakonske kazne", napominjući da je otkazana punomoć talijanskom odvjetniku koji je zajedno s domaćim odvjetnicima pripremao Šišićevu obranu pred talijanskim sudom, te je izabran drugi odvjetnik.
"Država je sve učinila da pomogne pilotu Emiru Šišiću. Osigurali smo 260 tisuća eura za troškove obrane i omogućili pribavljanje svih dokaza potrebnih za njegovu obranu, u čemu je posebno pomogla Vojska Srbije i Crne Gore. Talijanski sud očito nije uvažio nijednu olakšavajuću okolnost, a posebno to da je Šišić teško bolestan i da ima rak želuca. Sad ne možemo ništa učiniti osim da čekamo ishod žalbe prizivnom sudu", kazao je "Blicu" Rasim Ljajić, ministar za ljudska i manjinska prava Srbije i Crne Gore.
Šišić je 7. siječnja 1992. godine srušio jedan od dva promatračka helikoptera EZ iznad Podruta, kod Novog Marofa, a tom prilikom ubijena su petorica promatrača, jedan Francuz i četvorica Talijana. Za taj zločin u Hrvatskoj je, u odsutnosti, osuđen na maksimalnu zatvorsku kaznu od 20 godina.
Emir Šišić uhićen je 9. svibnja 2002. na srpsko-mađarskoj granici na temelju Interpolove tjeralice koju je za njim raspisala Republika Hrvatska, ali je - s obzirom da su stradali u helikopteru bili talijanski državljani - umjesto Hrvatskoj izručen Italiji.