PRIJE točno 23 godine, 13. svibnja, turski terorist Ali Agca izvršio je atentat na papu Ivana Pavla II. tijekom opće audijencije na Trgu svetog Petra u Rimu.
Toga 13. svibnja 1981., u 17 sati i 19 minuta, na Trgu svetog Petra u Rimu odjeknuli su pucnji. U trenutku dok je Ivan Pavao II. iz svoga papamobila pozdravljao hodočasnike tijekom audijencije, koja se tada održavala poslijepodne, pogođen je iz vatrenog oružja. Hitno je prebačen u bolnicu "Gemelli", gdje je podvrgnut teškoj operaciji. Jedan od metaka iz Agcina pištolja pogodio je Papu u želudac.
Ivan Pavao II. pozvao je u srijedu tijekom opće audijencije vjernike na molitvu, "neprekidnu i s povjerenjem", upućenu Gospi iz Fatime, koju upravo 13. svibnja slavi Katolička crkva, koja se na taj dan 1917. po prvi puta ukazala trima portugalskim pastirima. Papa je uvjeren kako ga je upravo Gospa iz Fatime spasila od smrti.
Papa je 2000. godine, u povodu Velikog Jubileja, objavio tzv. treću tajnu Gospe iz Fatime. Za objavu te tajne otišao je 13. svibnja 2000. u Fatimu, gdje je odlazio i ranije zahvaliti Gospi što mu je spasila život. Jedan od metaka s kojima je pogođen, onaj s kojim je bio ranjen u želudac, nalazi se od 1984. u kruni kipa Gospe u tom portugalskom svetištu.
Ivan Pavao II. oprostio je svome atentatoru Ali Agci, posjetivši ga i u zatvoru, te se pretpostavlja da je turski terorist kazao Papi i pozadinu svoga čina. No, ostaje tajnom sadržaj razgovora koji su tada vodili. "Ono što smo jedan drugom rekli tajna je između mene i njega", kazao je nekoliko godina kasnije Ivan Pavao II. "Govorio sam mu kao što se govori bratu kojem se oprašta i koji uživa moje povjerenje", rekao je Papa. Činjenica je, međutim, da iako su vođeni procesi pozadina atentata nije otkrivena, a pitanje tko je naoružao Alija Agcu ostalo je bez odgovora.
Sigurnosne mjere oko Pape počele su se od ovog događaja pooštravati pa se danas, primjerice, više ne može ući na Trg svetog Petra ili u crkvu svetog Petra bez prolaska kroz detektore za metal. Iako su neke od mjera sigurnosti pojačane, jedna se nije i vjerojatno se nikada neće primijeniti - pored Pape ne smije biti viđen naoružani policajac ili vojnik. Tako se na prostoru ispred Bazilike svetog Petra, gdje Papa predvodi misne svečanosti, ili na posebnim prostorima u Italiji i svijetu s kojih se Papa obraća, ne može vidjeti naoružani policajac ili vojnik osim, dakako, švicarskih stražara u odorama iz 15. stoljeća.
U političkome smislu atentat je značio i pooštravanje odnosa između Istoka i Zapada. Već sam dolazak poljskog kardinala Karola Wojtyle na Petrovu stolicu značilo je za komunistički blok određenu "opasnost". Ivan Pavao II. tadašnji je Sovjetski Savez nazvao "carstvom zla", a u Rimu je nakon atentata vođen proces protiv Agce kao atentatora za kojega se nagađalo da mu je zadatak da ubije papu Poljaka dao ruski KGB. Govorilo se o bugarskoj vezi u atentatu na Papu, sudilo se i nekim bugarskim građanima, a sam čin atentata pretvorio se i u političke osude Istoka. Osam godina poslije atentata na Papu pao je Berlinski zid.