Gotovina se uspješno skrivao sve do 7. prosinca 2005. godine kada je, sasvim iznenada, uhićen na Kanarskim otocima. Iz neslužbenih izvora tada su stigle informacije da je Gotovina na jahti tjednim kružio po Kanarskim otocima, a na Tenerife, gdje je uhićen, stigao je u pratnji australskog Hrvata Joze Grgića, kojeg su zajedno s Gotovinom uhitili španjolski policajci, da bi ga ipak pustili nekoliko sati kasnije.
Gotovina je kod sebe u trenutku uhićenja imao oko 12.000 eura u gotovini i putovnicu na ime Kristijan Horvat. Pretpostavlja se da je novac koji je pronađen kod njega Gotovina dobio od Hrvoja Petrača, za kojeg je poznato da je financirao generalov bijeg. Odmah nakon uhićenja Gotovina je prebačen u zatvor Soto del Real kraj Madrida, a 9. prosinca završio je u UN-ovom zatvoru u Scheveningenu.