Optužnica ih po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti u 26 točaka tereti za zločine protiv čovječnosti, teške povrede ženevskih konvencija i kršenje ratnog prava i običaja počinjene progonom više desetaka tisuća Muslimana i drugih nehrvata, ubojstvima, silovanjima, deportacijama, zatočenjem civila, nečovječnim i okrutnim postupanjima, uništavanjem imovine, razaranjem, uništavanjem vjerskih i obrazovnih objekata, pljačkom te protupravnim napadima i teroriziranjem civila.
Tužiteljstvo ih tereti da su od studenoga 1991. do travnja 1994. bili sudionici "udruženog zločinačkog pothvata političkog i vojnog podjarmljivanja, trajnog uklanjanja i etničkog čišćenja bosanskih Muslimana i drugih nehrvata s onih dijelova teritorija BiH za koje se tvrdilo da pripadaju Hrvatskoj zajednici (kasnije Republici) Herceg-Bosni (HR HB)", kako bi ta područja kao dio "Velike Hrvatske" postala dijelom RH ili s njom blisko povezana.
Teritorijalni cilj tog pothvata, prema tužiteljstvu, bilo je osnivanje hrvatskog teritorija u granicama Banovine Hrvatske (1939-41.) uz političku i demografsku dominaciju Hrvata na tom području.
Kao sudionike pothvata optužnica navodi "brojne osobe" od pokojnih - hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana, ministra obrane Gojka Šuška, generala Janka Bobetka i predsjednika Herceg-Bosne Mate Bobana, preko optužene šestorice, do "raznih drugih dužnosnika Herceg-Bosne/HVO-a na svim razinama, raznih čelnika i članova HDZ-a i HDZ-a BiH, te raznih pripadnika oružanih snaga Herceg-Bosne/HVO-a, specijalnih postrojbi, vojne i civilne policije, obavještajnih službi kao i pripadnika vojske, policije i obavještajnih službi RH".
Za bivšeg predsjednika vlade HR HB Jadranka Prlića (45), tužitelji navode da je, uz Matu Bobana, bio najmoćniji dužnosnik u političkoj strukturi i tijelima vlade HR HB/HVO 1992/93. te je imao de jure i/ili de facto vlast, efektivnu kontrolu i/ili bitan uticaj na vladu i vojsku Herceg-Bosne/HVO-a.
Za ministra obrane Brunu Stojica (49), kaže se da je vršio je de jure i/ili de facto vlast, te imao efektivnu kontrolu i bitan utjecaj na sve segmente i ogranke operacija koje su izvodile oružane snage Herceg-Bosne/HVO-a.
General Slobodan Praljak (59) je, prema optužnici, od ožujka 1992. do lipnja 1993. kao visoki časnik HV i predstavnik MORH-a pri HVO-u služio kao prenositelj zapovjedi, dopisa i uputa koje su Tuđman, Šušak i drugi dužnosnici RH upućivali vladi i oružanim snagama HB/HVO-a a od srpnja do studenoga 1993. bio je najviši zapovjednik oružanih snaga Herceg-Bosne/HVO, navodi se.
General Milivoj Petković (55), bio je načelnik glavnog stožera HVO-a od travnja 1992. do 24. srpnja 1993., te od travnja do kolovoza 1994., te je de jure i/ili de facto rukovodio i zapovjedao oružanim snagama HB/HVO-a.
Valentin Ćorić (48) bio je od travnja 1992. do kraja 1993. zapovjednik Vojne policije HVO-a koja je imala važnu ulogu u upravljanju zatvorima i logorima HVO-a te u borbenim operacijama i operacijama etničkog čišćenja.
Berislav Pušić (52) časnik Vojne policije HVO-a od 1993. bio je predsjednik Komisije HVO-a za razmjenu zarobljenika a u kolovozu 1993. povjerena mu je uprava nad svim zatvorima i logorima u Herceg-Bosni.
U činjeničnoj osnovi optužnice iznosi se slijed dogadjaja od proglašenja HZ Herceg-Bosne 18. studenoga 1991. na teritoriju 20-ak općina BiH, osnivanja HVO-a u travnju 1992, preko prvih sukoba HVO-a i Armije BiH u Novom Travniku i Prozoru listopada 1992. i Vance-Owenova plana koji je predviđao tri provincije (kantona) za Hrvate, do ultimatuma za povlačenje Armije BiH iz tih provincija (kantona) i otvorenog sukoba nakon isteka ultimatuma 15. travnja 1993.
"Kada je rok 15. travnja prošao, a vlada BiH nije pristala ne njihove zahtjeve, snage HB/HVO-a započele su široku kampanju progona, vojnih akcija, uhićenja i protjerivanja pri čemu su izvršile napade na 30 muslimanskih gradova i sela, uključujući napade i zvjerstva u Ahmićima, Sovićima i Doljanima 16. i 17. travnja" i druga, navodi se u optužnici.
Snage HB/HVO-a, uz potporu i sudjelovanje tijela i vlasti Oružanih snaga RH, započele su golemu kampanju s ciljem da se napadnu i očiste bosanski Muslimani s područja za koja se tvrdilo da pripadaju Herceg Bosni.
Od lipnja do rujna 1993. snage HB/HVO-a sustavno su uhićivale, maltretirale i deložirale desetine tisuća muškaraca, žena, djece i staraca, bosanskih Muslimana, pritvarale ih i premještale na druga područja pod kontrolom ABiH ili ih deportirale u druge države, stoji u optužnici.
U sklopu toga, šestoricu optuženih tereti se da su "poticali i raspirivali politički, etnički i vjerski razdor, podjele i mržnje, te govorima, propagandom i lažnim informacijama stvarali, poticali i podržavali atmosferu nabijenu antimuslimanskim sentimentom, poticali nacionalne podjele i vjersko nepovjerenje".
Tereti ih se za primjenu sile, zastrašivanja i terora, oduzimanje i uništavanje imovine, zatočenje i zatvaranje, prisilno premještanje i deportacije, prisilni rad i korištenje zatošenih kao živog štita.
Optužnica navodi da je "uslijed kampanje progona i etničkog čišćenja muslimansko stanovništvo u mnogim dijelovima Herceg-Bosne znatno reducirano, a oni koji su ostali bili su pod dominacijom tijela vlasti snaga HB/HVO-a, što je bio plan i namjera udruženog zločinačkog pothvata, a time i optuženih".
Borbe velikih razmjera između dviju strana okončane su potpisivanjem Washingtonskog sporazuma 1. ožujka 1993., konstatiraju tužitelji.
U optužnici se obrađuju posljedice kampanje progona u općinama Prozor, Gornji Vakuf, Jablanica, Mostar, Ljubuški, Stolac, Čapljina i Vareš te logori HVO-a Heliodrom, Vojno, Dretelj i Gabela.
U tom se dijelu navode pojedini zločini, uz opis okolnosti pod kojima su počinjeni, broj ubijenih, nestalih ili ranjenih, uz upućivanje na popis žrtava u prilogu optužnice, koji ICTY nije objavio.
Govori se o više stotina ubijenih i nestalih tijekom napada, progona i zatočenja, te posebno o stotinama ubijenih i ranjenih civila u granatiranju istočnog Mostara i o najmanje 135 ubijenih i ranjenih civila u vatri iz vatrenog oružja HVO-a tijekom opsade istočnog Mostara od lipnja 1993. do travnja 1994.
Optužnica obrađuje nehumane uvjete i maltretiranje zatočenika u logorima HVO-a, pogubljenja po prijekom postupku i prisilni rad duž crta razdvajanja, pri čemu je poginuo ili je ranjen veliki broj zatočenih. Navodi se da je u logoru Heliodrom bilo zatočeno do 6.000 osoba, u Dretelju 2.270, u Gabeli oko 1.200 osoba u nehumanim uvjetima.
Tužitelji navode kako je svaki od šestorice optuženih kazneno odgovoran za one zločine za koje se tereti u optužnici, a koje je on planirao, poticao, naredio ili izvršio, ili čije je planiranje pripremu i izvršavanje pomagao ili podržavao te dodatno ili alternativno da je svaki optuženi kazneno odgovoran za zločine koji su planirani ili počinjeni u okviru "udruženog zločinačkog pothvata". Tužitelji navode kako je svaki od šestorice optuženih kazneno odgovoran za one zločine za koje se tereti u optužnici, a koje je on planirao, poticao, naredio ili izvršio, ili čije je planiranje pripremu i izvršavanje pomagao ili podržavao te dodatno ili alternativno da je svaki optuženi kazneno odgovoran za zločine koji su planirani ili počinjeni u okviru "udruženog zločinačkog pothvata".