U izvješću se ocjenjuje da Hrvatska nije dovoljno surađivala s Haškim sudom, oklijevajući uhititi i predati umirovljene generale Janka Bobeteka i Antu Gotovinu.
Za domaća suđenja Srbima i Hrvatima osumnjičenima za ratne zločine Amnesty drži da većinom pokazuju "nesposobnost pravosuđa da nepristrano i nezavisno procesuira slučajeve ratnih zločina".
Prema njihovim podacima, većina optuženika bili su hrvatski Srbi, od kojih su mnogi optuženi skupnim optužnicama ili su suđeni u odsutstvu. Navode da je državni tužitelj nastavio revidirati nezavršene slučajeve, priznajući da su mnoge tužbe bile "motivirane etničkom pripadnošću" i da za njih nije bilo dovoljno dokaznog materijala. Revizija je isključila već zaključene slučajeve u kojima su "sudski postupci bili očito nepošteni", stoji u izvješću.
Ocjenjuje se da u suđenjima Hrvatima svjedoci optužbe nisu bili adekvatno zaštićeni i da sudovi nisu provodili postupke nepristrano, primjerice kod slučaja vojnog zatvora Lora.
U Hrvatskoj su tijekom 2002. zabilježeni i slučajevi nasilja i diskriminacije nad pripadnicima manjina, osobito nad zajednicom Roma, od državnih službenika, školskog sustava (segregirani razredi za Rome u Međimurju) i skinheadsa.