Prema podacima UN-a, prije i poslije glasovanja koje je provedeno u kolovozu 1999. pod nadzorom te organizacije, u nasilju u bivšoj portugalskoj koloniji ubijeno je oko 1.000 ljudi. Stanovništvo se tada velikom većinom izjasnilo za neovisnost.
Smatra se da su za najveći broj ubojstava i nasilja krivi pripadnici pro-timorske milicije koje su podupirale skupine indonezijske vojske. Među optuženima je dvanaest bivših članova pro-timorske milicije.
Istočni Timor postao je neovisna država 2002. nakon tranzicijskog razdoblja pod upravom UN-a. Do sada je podignuto 75 optužnica protiv 333 osobe. Osuđeno ih je 35.