Glavna točka neslaganja po svemu sudeći bit će sastav Europske komisije, izvršnog tijela Europske unije. Male zemlje slažu se u jednom zahtjevu: svaka želi imati stalnog i punopravnog predstavnika u Komisiji.
Prema prijedlogu ustava, Europska komisija bi od 2009. godine imala 15 povjerenika s pravom glasa.
Francuski ministar vanjskih poslova Dominique de Villepin izjavio je ovoga tjedna da bi Komisija od 25 ili 30 članova bila protivna samoj biti Komisije "da bude predstavnik općeg interesa".
Druga točka neslaganja mogao bi biti način glasovanja u Vijeću Europske unije.
Španjolska i Poljska zajedno su istupile sa zahtjevom da se kod glasovanja kvalificiranom većinom zadrži odredba iz Sporazuma iz Nice, koja tim dvijema zemljama daje veću težinu nego što bi je po demografskim kriterijima mogle imati.
Kod drugih zahtjeva nešto je teže naći linije podjele između 25 zemalja. Primjerice, katolička Poljska, Slovačka i Litva traže da se u ustav unese rečenica o "kršćanskim korjenima Europe", Mađarska inzistira na zaštiti manjina, Litva se protivi uvođenju funkcije stalnog predsjednika Vijeća EU-a.
Kolike i kakve ovlasti će imati stalni predsjednik Vijeća EU-a također je područje oko kojeg će biti vrlo teško postići suglasnost. Komisija se pribojava da bi u slučaju jakog predsjednika ona bila marginalizirana, male zemlje strahuju jer bi predsjednik uvijek dolazio iz neke veće zemlje.
Tijekom rada Međuvladine konferencije održat će se osam sastanaka, tri na razini šefova država ili vlada i pet na razini ministara vanjskih poslova. Summit će se održati na početku rada IGC-a 4. listopada u Rimu, zatim 16. i 17. listopada te 12. i 13. prosinca u Bruxellesu.
Europsku komisiju na summitima šefova država i vlada predstavljat će njezin predsjednik Romano Prodi, a na ministarskim sastancima povjerenici Michel Barnier i Antonio Vitorino. Komisija nema pravo glasa na IGC.
Ni Europski parlament nema pravo glasa, a također bi trebao sudjelovati u radu konferencije, iako zasad nije precizirano na koji će način biti zastupljen na raspravama.
Talijanska vlada na čelu s premijerom Silvijem Berlusconijem bit će, u svojstvu predsjedavajućeg EU, zadužena za organizaciju pregovora i imat će središnju ulogu u traženju općeg konsenzusa.
Mnogi u Europskoj uniji smatraju da se u temeljni dokument mora unijeti i manje komplicirana procedura o njegovoj reviziji, koja ne bi predviđala apsolutno jedinstvo svih zemalja članica.
U raspravu oko budućeg ustava Europske unije na neki način se uključila i Hrvatska, koja tek očekuje kandidatski status. Zamjenik ministra vanjskih poslova Ivan Šimonović rekao je u razgovoru s talijanskim ministrom za europska pitanja Roccom Buttiglioneom da bi već sada "trebalo razmišljati o mehanizmima koji će budućim članicama EU-a osigurati mjesta u Europskim institucijama".