BIVŠI jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević, podizanjem optužnice za zločine počinjene na Kosovu, postao je prije sedam godina prvi predsjednik koji je u trenutku podizanja optužnice aktivno obnašao predsjedničku dužnost.
Tadašnja glavna haška tužiteljica Louise Arbour 27. svibnja 1999. objavila je u Den Haagu da je protiv Miloševića i još četvorice visokih srpskih dužnosnika podigla optužnicu za zločine protiv čovječnosti koje su srpske snage počinile protiv kosovskih Albanaca.
"Za sljedeće osobe izdana je zajednička optužnica: predsjednik SR Jugoslavije Slobodan Milošević, predsjednik Srbije Milan Milutinović, zamjenik predsjednika jugoslavenske vlade Nikola Šajnović, načelnik glavnog stožera Vojske Jugoslavije Dragoljub Ojdanić i srpski ministar unutarnjih poslova Vlajko Stojiljković", rekla je tada Arbour na konferenciji za novinare u prepunoj sudnici Međunarodnog suda za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije (ICTY).
Ona je objavila da su Milošević i još četvorica optuženi za zločine protiv čovječnosti, konkretno ubojstva, deportacije i progone, te za kršenja ratnog prava i običaja počinjene na Kosovu. Haški sud 9. listopada 2001. potvrdio je i objavio i optužnicu protiv bivšeg jugoslavenskog predsjednika za zločine počinjene tijekom rata u Hrvatskoj. Milošević je tada optužen za zločine počinjene provedbom plana prisilnog izgona većine hrvatskog i drugog nesrpskog stanovništa s oko trećine teritorija Republike Hrvatske tijekom 1991. i 1992. s ciljem pripajanja tih teritorija novoj državi pod srpskom dominacijom.
Optužnica ga je teretila za zločine protiv čovječnosti, teške povrede Ženevskih konvencija i povrede ratnog prava i običaja. Tužitelji su u optužnici naveli da je taj plan stvoren 1. kolovoza 1991., kada je Milošević bio predsjednik Srbije, i da su u njegovoj provedbi sudjelovali i Borisav Jović, Branko Kostić, Veljko Kadijević, Blagoje Adžić, Milan Babić, Milan Martić, Goran Hadžić, Jovica Stanišić, Franko Šimatović, Tomislav Simović, Vojislav Šešelj, Momir Bulatović, Aleksandar Vasiljević, Radovan Stojičić, Željko Ražnatović Arkan i drugi. Miloševića se teretilo za progon stanovništva u Hrvatskoj počinjen od 1. kolovoza 1991. do lipnja 1992. koji je uključio "istrebljenje ili ubijanje stotina Hrvata i drugih nesrba", zatočenje tisuća hrvatskih i drugih nesrpskih civila unutar Hrvatske i u logorima na području Crne Gore, Srbije i BiH te za stvaranje nehumanih uvjeta života za stanovništvo na područjima Hrvatske pod srpskom kontrolom.
Tužiteljstvo je Miloševića smatralo odgovornim i za zlostavljanja Hrvata i drugih, njihov prisilni rad u logorima, seksualna zlostavljanja. Teretilo ga se za napade na Vukovar, Dubrovnik i druga nebranjena hrvatska naselja te njihovo uništavanje i pljačku, kao i uništavanje kulturnih i povijesnih spomenika.
Haško tužiteljstvo u optužnici je zapisalo da je prognano najmanje 170 tisuća Hrvata i drugih nesrba, uključivši deportaciju u Srbiju barem pet tisuća stanovnika Iloka, 20.000 iz Vukovara i progon barem 2.500 stanovnika Erduta na druge lokacije u Hrvatskoj. Haški sud, mjeseci i pol nakon hrvatske optužnice, 23. studenoga 2001. objavio je i da je optužio Miloševića za genocid u BiH. To je bila treća i najteža optužnica protiv Miloševića.
Optužnica za BiH pokrila je zločine koji su tijekom rata u BiH u razdoblju od 1992. do 1995. godine počinile srpske snage nad muslimanskim i hrvatskim stanovništvom. Uz genocid u BiH Milošević je tada optužen i za zločine protiv čovječnosti i teške povrede Ženevskih konvencija počinjene u toj državi. Haški je sud 1. veljače 2002. odlučio da će se protiv Miloševića voditi objedinjeno suđenja po sve tri optužnice.