NASA je tri desetljeća čekala da po drugi puta pobliže istraži Merkur, još od sonde Marinera 10, koja je 1974. i 1975. godine snimila oko 45 posto površine tog planeta.
Messenger bi u orbiti oko najmanjeg i Suncu najbližeg planeta našeg sustava trebao provesti nešto više od godine dana. Nizom sofisticiranih instrumenata trebao bi otkriti tajne tog planeta.
Sonda bi trebala odgovoriti na pitanje je li Merkur, planet tek nešto veći od Mjeseca, bio nekada iste veličine poput Zemlje, te je li vremenom izgubio veći dio svoje mase uslijed nekog kataklizmičkog sudara ili zbog postupnog "ljuštenja" uzrokovanog solarnim vjetrovima.