Hrvatska će privremeno vršiti jurisdikciju na kopnenom području jugozapadno od Konfina, a SRJ Jugoslavija na kopnenom području sjeverno od Konfina. Hrvatska će izvršiti potpunu demilitarizaciju u dubini pet kilometara, a SRJ Jugoslavija tri kilometara od Konfina.
Stranke Protokola suglasne su da se u morskom području zapadno od ravne crte koja se proteže od Konfina do točke udaljene tri kabla (554 metra) od Rta Oštro na spojnici Rt Oštro-Rt Veslo isključiti nadležnost policijskih i vojnih snaga. Za sigurnost u tom području brinut će mješovita policijska posada na policijskom plovidbu.
SRJ Jugoslavija obvezala se da njeni ratni brodovi u području između Rta Kobila i Rta Đurov Kam i između Rta Oštro i Rta Mirišta neće izvoditi vježbovne aktivnosti, neće demonstrirati silu, ne zaustavljati se niti se sidriti. Njene će podmornice kroz to područje ploviti na površini.
Potpisanim Protokolom se privremeno uređuju međusobni odnosi u svezi sa prelaskom granice, pograničnim režimom, policijskim i carinskim nadležnostima. Dogovoreno je da će lokalnom stanovništvu prijelaz granice biti omogućen uz pograničnu propusnicu.