Pavković je u vrijeme na koje se odnosi optužnica bio zapovjednik Treće armije VJ čije su postrojbe, zajedno sa snagama MUP-a Srbije, u prvoj polovici 1999. izvele intervenciju na Kosovu u kojoj je ubijeno "na stotine albanskih civila, a više od 800.000 je deportirano ili nasilno premješteno".
Optužen je zajedno s podređenim mu generalom Vladimirom Lazarevićem, tadašnjim zapovjednikom Prištinskog korpusa VJ i policijskim generalima Vlastimirom Đorđevićem i Sretenom Lukićem u četriri točke za zločine protiv čovječnosti zbog ubojstava, progona na rasnoj, vjerskoj i političkoj osnovi, deportacija i prisilnog premještanja stanovništva i u jednoj točki za kršenje ratnog prava i običaja zbog ubojstava.
Tereti ih se za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu zajedno s predsjednicima SRJ i Srbije Slobodanom Miloševićem i Milanom Milutinovićem te vicepremijerom SRJ Nikolom Šainovićem i načelnikom glavnog stožera VJ Dragoljubom Ojdanićem s ciljem "protjerivanja znatnog dijela albanskog stanovništva s Kosova radi osiguranja trajne srpske kontrole nad pokrajinom".
Tužiteljstvo je najavilo podnošenje prijedloga za objedinjavanje optužnica protiv četvorice generala s onom protiv Milutinovića, Šainovića i Ojdanića kako bi im se zajedno sudilo.
Nebojša Pavković predao se ICTY-u u ponedjeljak 25. travnja, nakon godinu i pol provedenih u bijegu s kojeg je poručivao da samo mrtav može u Haag. Na kraju je ipak pristao na uvjete srbijanske vlade, koja je zahvaljujući pružanju pravne i financijske pomoći optuženicima, davanjem jamstava za puštanje iz pritvora i zbrinjavanjem njihovih obitelji, u posljednih šest mjeseci pridobila za predaju i odlazak u Haag 14 bjegunaca.
Od četvorice generala optuženih za Kosovo u bijegu je još samo Vlastimir Đorđević, koji se po navodima Tužiteljstva krije u Rusiji.