Kao zapovjednik logora Sušica kod Vlasenice, koji su srpske snage osnovale u lipnju 1992., prvotno je optužen po 80 točaka za zločine protiv čovječnosti, teške povrede Ženevskih konvencija i kršenje ratnog prava i običaja, zbog zločina prema zatočenicima.
Uhitio ga je SFOR u BiH u travnju 2000. kada je i prebačen u Haag.
Početkom rujna ove godine, pred sami početak suđenja, priznao je krivnju u sporazumu s Tužiteljstvom prema četiri točke treće izmijenjene optužnice koja ga je teretila za ubojstva, pomaganje i podržavanje silovanja i mučenje kao zločine protiv čovječnosti.
Rasprava o visini kazne održana je od 3. do 6. studenoga, kojom prilikom je optužba pozvala tri svjedoka i predala na uvrštenje u spis pismene izjave dviju žrtava i jednog vještaka. Obrana je pozvala dva svjedoka i ponudila na uvrštenje u sudski spis pismene izjave tri svjedoka a saslušana su i dva vještaka.
U obraćanju raspravnom vijeću Nikolić je izrazio kajanje i prihvatio odgovornost za zločine koje je počinio.
Kroz logor Sušica prošlo je oko 8.000 Bošnjaka civila i drugih nesrba iz Vlasenice. U krajnje nehumanim uvjetima bili su zatočeni muškarci, žene i djeca, pa čak i cijele obitelji.
Mnoge su zatočenice bile seksualno zlostavljane i silovane.
Dragan Nikolić je priznao odgovornost za ubojstvo devet zatočenih osoba, mučenje pet zatočenih i omogućavanje silovanja zatočenica.
"U logoru nije prošao nijedan dan i nijedna noć a da Nikolić i drugi nisu činili barbarska djela. Optuženi je surovo i sadistički tukao zatočenike i u tome uživao. Djela optuženog bila su strahovito surova i relativno dugog trajanja. Ne radi se o izoliranim postupcima, već o sustavnom sadizmu", navodi se u presudi.
Raspravno vijeće, pod predsjedanjem suca Wolfganga Schomburga, obrazlažući odluku da Nikoliću izrekne strožu kaznu od one koju je tražilo tužiteljstvo (15 godina), ukazalo je na neke negativne strane sporazuma o izjašnjavanju o krivnji, kao što je reduciranje činjenične i pravne osnove slučaja i priznanje krivnje iz koristi.
Među olakotnim okolnostima navedeno je priznanje krivnje, kajanje, proces pomirenja i suradnja s Tužiteljstvom. U kaznu će mu se računati tri godine i sedam mjeseci provedenih u pritvoru.