Šokota je karijeru počeo u Dinamu gdje je u 92 utakmice zabio 49 golova. Uslijedio je četverogodišnji angažman u Benfici, gdje je u 60 ligaških utakmica zabio 20 golova. 2005. godine prelazi u Porto, gdje nije ostavio veći trag, da bi se dvije godine kasnije vratio u Dinamo.
2009. Šokota opet odlazi u inozemstvo, nastupa za belgijski Lokeren, da bi posljednju sezonu proveo u dresu Olimpije. U Ljubljani se Šokota vratio u pravu formu, a u 19 utakmica zabio je solidnih sedam golova. Šokota je inače jedan od najboljih strijelaca HNL-a u povijesti pa je sigurno da će Pjesnici nakon odlaska Krstanovića dobiti u najmanju ruku dostojnu zamjenu.