Ljevičarski kritičari i dalje zahtjevaju da Barroso premjesti kontroverznog talijanskog povjerenika Rocca Buttiglionea na neku drugu dužnost u Komisiji zbog njegovih kontroverznih katoličkih stajališta o homoseksualcima i položaju žena u obitelji.
Međutim, konzervativci su najavili da će podržati Komisiju ističući da ljudi moraju imati pravo izraziti svoja osobna vjerska stajališta.
Izvori u EU-u govore da je teško reći hoće li parlament potvrditi ili ne novu Komisiju. Parlament nema ovlasti odbiti pojedinačne nominacije i samo može izglasati povjerenje ili nepovjerenje cijeloj 25-očlanoj Europskoj komisiji.
Ako Europski parlament odbije potvrditi novu Europsku komisiju, ona neće moći preuzeti mandat 1. studenoga. U tom slučaju, kako ne bi došlo do institucionalnog vakuuma, stara Komisija pod vodstvom Romana Prodija mora nastaviti posao.