Rajić je optužen kao zapovjednik druge operativne grupe HVO-a iz Kiseljaka za pokolj najmanje 16 bošnjačkih civila u srednjebosanskom selu Stupni Do u listopadu 1993. godine.
Haaški sud je podignuo optužnicu protiv Rajića u listopadu 1995. godine, no on se uspješno skrivao sve do travnja ove godine kada je uhićen u Splitu, nakon čega je prebačen u pritvor zagrebačkog Okružnog zatvora u Remetincu.
Zagrebački Županijski sud odobrio je 30. travnja izručenje Rajića Haaškom sudu, a tu je odluku 9. lipnja potvrdio Vrhovni sud odbacivši žalbu Rajićevih odvjetnika te je Rajić izručen u utorak.
Rajić je, prema optužnici, koristio i ime Viktor Andrić.