Rastući oblačni pokrov, koji je manje izražen na Neptunovom ekvatoru, vjerojatno je rezultat povećanog grijanja Sunca, smatra Lawrence Sromovsky sa sveučilišta Wisconsin.
"Ta je pojava vjerojatno odgovor na sezonske promjene u sunčevoj toplini i svjetlosti, poput sezonskih promjena koje možemo vidjeti na Zemlji," izjavio je.
Neptunov ciklus godišnjih doba može se usporediti sa Zemljinim, jer oba planeta imaju ukošene osi, pa su im sjeverna i južna hemisfera u različitim fazama Sunčeve orbite postavljene bliže Suncu. To za posljedicu ima izmjenu ljeta i zima na različitim hemisferama.
No, kako Neptunu trebaju 164 godine da bi završio svoj put oko Sunca, svako godišnje doba traje oko 40 godina.
Opažanja su pokazala da Neptun prolazi i kroz neke vrlo ekstremne vremenske prilike. Tako njegova prosječna površinska temperatura iznosi oko -218 ?C, a olujni vjetrovi dosežu brzinu do 1.500 kilometara na sat.
Smatra se da su takvi vremenski uvjeti uzrokovani toplinom iz Neptunovog unutarnjeg sloja rastopljenog kamenja, tekućeg amonijaka i metana.