Trenutačno prvog federalnog obavještajca tereti se za teška kaznena djela poput ugrožavanja osoba pod međunarodnom zaštitom i uzimanje talaca, te za nasilničko ponašanje i napad na službene osobe.
Tjednik "Slobodna Bosna" ranije je objavio da je Vukšić osumnjičen da je bio jedan od organizatora napada na međunarodne policajce, pripadnike SFOR-a te revizore koji su u proljeće 2001. dobili zadaću pretresti prostorije "Hercegovačke banke" kako bi se istražilo njezino poslovanje i provjerile sumnje o kriminalnim aktivnostima kojima je financirano djelovanje Hrvatske demokratske zajednice BiH (HDZ).
U masovnim izgredima organiziranim radi sprječavanja provjere poslovanja "Hercegovačke banke" na ulicama Mostara te u Grudama više međunarodnih i predstavnika tijela vlasti Federacije BiH teže je ozlijeđeno a nekoliko ih je uzeto za taoce te im se prijetilo smrću.
Sarajevski tjednik navodi da istražitelji posjeduju video snimke koje nedvojbeno potvrđuju da je Vukšić kao tadašnji dužnosnik Službe nacionalne sigurnosti (SNS) koordinirao i organizirao ove napade.
Vukšić je već dulje od pola godine na čelu FOSS-a, otkako je visoki predstavnik za BiH Paddy Ashdown s dužnosti ravnatelja smijenio Munira Alibabića.