U međuvremenu je afera Rupelove akademije dobila i političke implikacije zbog ministrovih tvrdnji da je riječ o lovu na vještice i želji da ga se na "izvansudskom procesu" izbaci iz vlade kao nositelja državotvorne linije, te da su na djelu "nevidljiva lica iz lijeve pozadine", što je bila jasna aluzija na još uvijek utjecajnog "oca nacije" Milana Kučana.
Slovenski mediji tvrde da Rupel još uživa čvrstu potporu sadašnjeg premijera Antona Ropa unatoč pokušajima da se politički podupre "državotvornom linijom" iz oporbenih klupa.
Odmah nakon vijesti da bi mogao biti kazneno gonjen, Rupela je u zaštitu uzeo oporbeni lider Janez Janša. Janša je ustvrdio da se Rupela iz vlade pokušava izbaciti "po istom scenariju" kako je i on smijenjen s mjesta ministra obrane 1994. godine. "I kumovi akcije su isti, kao i metoda: najprije diskreditacija, a onda politička likvidacija", rekao je Janša.
Rupel tvrdi da nije istina da je osnivanjem diplomatske akademije u Portorožu (blizu kojega ima kuću za odmor) želio osigurati produženi utjecaj u slovenskoj politici. Također tvrdi da nije točno da je za još uvijek nepostojeću visokoškolsku instituciju sklopljenim ugovorima prikupio gotovo 40 tisuća eura.