Stanišić je, zajedno s bivšim zapovjednikom i osnivačem Jedinice za specijalne operacije, tzv. Crvenih beretki Frankom Simatovićem, optužen za ratne zločine u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini od 1991. do 1995. godine, a obojica su uhićeni u okviru policijske akcije "Sablja" nakon atentata na premijera Srbije Zorana Đinđića 12. ožujka.
Obojica haških optuženika, kako tvrde njihovi odvjetnici, i prije uhićenja su bili spremni na dobrovoljnu predaju Haaškim sudu, te su to kazali i haškim istražiteljima za ranijih susreta.
(Hina) tta sd