U prvoj optužnici, potvrđenoj 29. kolovoza 1995., optužen je da je kao zapovjednik Druge operativne skupine HVO-a 23. listopada 1993. naredio napad na civilno stanovništvo sela Stupni Do, kod Vareša, u kojem je ubijeno najmanje 16 Bošnjaka, a selo je razoreno.
Zbog namjernih ubojstava, napada na civile i razaranja sela optužen je u četiri točke za teške povrede Ženevskih konvencija i u dvije točke za kršenje ratnog prava i običaja.
Izmijenjena optužnica podnesena je 14. siječnja 2004. U njoj su, prema nalogu raspravnog vijeća, znatno podrobnije obrazložena kaznena djela koja se Rajiću stavljaju na teret i objašnjene okolnosti pod kojima su počinjena.
Broja žrtava napada na Stupni Do povećan je na 37, a Rajića se tereti i za pljačku te seksualno zlostavljanje stanovnica sela koje su počinili vojnici pod njegovim zapovjedništvom.
Također ga se tereti za uhićenje, zlostavljanje i zatočenje u nehumanim uvjetima 250 Bošnjaka u Varešu u listopadu 1993.
Optužen je temeljem individualne i zapovjedne odgovornosti u pet točaka za teške povrede Ženevskih konvencija za namjerno ubijanje, nečovječno postupanje, uključujući seksualno zlostavljanje, protuzakonito zatočenje civila, prisvajanje imovine i bezobzirno uništavanje koje nije opravdano vojnom potrebom.
U pet točaka je optužen za kršenja ratnog prava i običaja za ubojstva, teške povrede osobnog dostojanstva i posebno ponižavajuće postupke, uključujući seksualno zlostavljanje, okrutno postupanje, pljačku javne i privatne imovine te bezobzirno uništavanje sela ili uništavanje neopravdano vojnom potrebom.
U izmijenjenoj optužnici također se precizira da je Ivica Rajić 27. prosinca 1993. obavijestio HVO da mijenja ime u Viktor Andrić, te da je 30. prosinca razriješen dužnosti u zapovjedništvu HVO-a, a na njegovo mjesto je imenovan Viktor Andrić, čime je Rajić nastavio djelovati kroz svoj bivši zapovjedni lanac.
Prethodno se navodi da je odluka o njegovoj smjeni donesena 10. studenoga 1993. na sastanku u Zagrebu na kojem je sudjelovao i tadašnji hrvatski predsjednik Franjo Tuđman.
U optužnici stoji i da su nakon napada na Stupni Do, snage HVO-a u strahu od protudara Armije BiH pozvale Hrvate da napuste Vareš, nakon čega ih je više tisuća izbjeglo u Kiseljak.
Rajić će se izjasniti o krivnji pred raspravnim vijećem kojim predsjedava sudac Liu Daqun, optužbu će zastupati Kenneth Scott, a obranu zagrebački odvjetnik Željko Olujić.