Prvi puta u zatvoru je bio od 1946. do 1948. godine pod optužbom za panislamističku djelatnost, a drugi puta od 1983. do 1988. godine u Foči, nakon što mu je pod sličnim optužbama suđeno s većom skupinom njegovih kasnijih bliskih političkih suradnika poput Omera Behmena i Hasana Čengića.
O njegovu zalaganju za islamsku religiju govori i popis radova koje je objavio. Njegovo je najpoznatije djelo "Islam između Istoka i Zapada", objavljeno je 1984. godine, kada je bio u zatvoru, slijede "Moj bijeg u slobodu", "Problemi islamskog preporoda", te "Islamska deklaracija". Zapaženi su i njegovi memoari pod naslovom "Neizbježna pitanja".
Po izlasku iz zatvora Izetbegović nije javno istupao, no politički se ponovno aktivirao 1990. godine kada su vlasti tadašnje SR BiH dopustile višestranačko organiziranje.
U svibnju 1990. godine Izetbegović utemeljuje Stranku demokratske akcije (SDA) koja ga bira za svog prvog predsjednika.
Na toj dužnosti ostat će sve do 1998. godine, u što treba uračunati i dvogodišnji mandat kojega je dobio nakon prvih poratnih izbora u BiH.
Na novim izborima 1998. godine Izetbegović ponovo dobiva mandat u tročlanom državnom Predsjedništvu, no nakon nepune dvije godine odlučio je podnijeti ostavku zbog već tada ozbiljno narušenog zdravlja.
Sam Izetbegović žalio se kako je kroničnu astmu, koja mu je i zadavala najviše problema, dobio tijekom boravka u fočanskom zatvoru, od čega se nikada nije oporavio.
Godine 2001. povukao se i s dužnosti predsjednika SDA, predavši je Sulejmanu Tihiću. Izetbegović je, međutim, zadržao utjecaj na unutarstranačka pitanja s pozicije njezina počasnog predsjednika.
Kritičari su Izetbegoviću često zamjerali nedosljednost i zakulisne političke igre te nepotizam, a on sam često je prije ostavljao dojam kakva dobrodušna čovjeka iz susjedstva, nego li šefa države.
Uoči napada srpskih snaga na Sarajevo u travnju 1992. godine Izetbegović je tako građanima poručivao kako mogu "spavati mirno jer rata neće biti", dok je u iskrenom odgovoru na pitanje treba li potpisati jedan od brojnih tada nuđenih mirovnih sporazuma, novinaru TV BiH kazao kako mu se prije podne čini da treba, a poslije podne ne treba.
"Završava se jedna krajnje zanimljiva, ali i tragična era i njenom kraju mi prisustvujemo. Dolazi druga era, nadam se bolja i stoga manje zanimljiva", kazat će Izetbegović u intervjuu sarajevskom magazinu "Dani", objavljenom kada se odlučio povući iz aktivne politike.