Najviše su ljuti zbog odluke da se svojevremeno s programa skine repriza epizode "Trapped in the Closet" u kojoj se ruglu izvrgavao poznati glumac Tom Cruise i njegova pripadnost Scijentološkoj crkvi. Ta je epizoda nedavno nominirana za televizijsku nagradu "Emmy", ali je daleko poznatija po tome što je zbog nje u seriji liku Kuhara glas prestao posuđivati Isaac Hayes, poznati pjevač, inače član Scijentološke crkve.
Skidanje "Trapped in the Closet" objašnjava se utjecajem koji scijentolozi i Tom Cruise uživaju u Hollywoodu, ali i prijetnjama poznatog glumca da, ukoliko sporna epizoda ne bude cenzurirana, neće sudjelovati u promociji ljetnog blockbustera "Nemoguća misija III". Taj je film producirao studio Paramount koji, isto kao i TV-postaja Comedy Central, pripada kanadskom medijskom konglomeratu Viacom.
Matt Stone je objasnio kako su na cijelu aferu reagirali isključivo priopćenjima, a ne konferencijama za tisak, jer im nije bila namjera biti u istim novinskim člancima s Tomom Cruiseom. Međutim, to se ipak nije dogodilo, tako da će slijedećih par godina morati na svakoj konferenciji ili intervjuu odgovarati na pitanja vezana uz tog tipa.
Trey Parker pak kaže da su epizodu o scijentologiji napravili imajući u vidu Hayesa i njegova vjerska uvjerenja, te da im je namjera bila pokazati kako nisu licemjeri.
Pored cenzure epizode "Trapped in the Closet", tvorce "South Parka" je još više iznervirala odluka Comedy Centrala da digitalno zamute lik proroka Muhameda u epizodi "Cartoon Wars". TV-kuća je tu odluku temeljila na činjenici da Islam zabranjuje prikazivanje Muhamedovog lika.
Međutim, Parker i Stone tvrde da se tom odlukom stvorio presedan koji bi omogućio drugim vjerskim skupinama da cenzuriraju njihovu seriju. Također navode da je u pitanju licemjerno korištenje dvostrukih standarda, s obzirom da se u "South Parku" kao redovni lik pojavljuje Isus Krist.
D.A.